Hayat Ağacı anlamına gelen bu isme Bizans ve Osmanlı’da birçok sinagogda rastlanır. Ortaköy’de eski zamanlardan beri muhtemelen aynı adı taşıyan, bir sinagogun mevcut olduğu bilinmektedir. 1660 ve 1718 İstanbul yangınları sonrasında yeni aileler de bu semte göç edip yerleşti. Tamir izniyle ilgili iradelerden sinagogun 1703 ve 1813 yıllarında yangın felaketi geçirip büyük hasar gördüğü anlaşılmaktadır.
Sinagog 1 Ekim 1941 Kipur (kefaret günü) gecesi, yağ deposu olarak kullanılan ölü yıkama bölümünde bir kandilin devrilmesiyle başlayan yangın sonucu tamamen yandı. Geriye yalnızca, 1825’de Kamondo Ailesi tarafından yaptırılan ve halen korunan Ehal (Tevrat rulolarının saklandığı dolap) kaldı.
Yangından kurtulan mermer Ehal’in üzerinde okunan İbranice yazıda şöyle denmektedir:
İyi alametli sene... Senin yüce ve ilelebet adına bir ev inşa ettim. Adı Hayat Ağacı kutsal kutsaldır. Toplumun ona gereksinmesi olan, hükümdarın maiyeti tarafından dinlenen, saygı gören ve onlarla işbirliği yapıp maddi manevi büyük işler başaran, Yahudiliğin yüce kişisi Avraam Kamondo tarafından inşa edildi. Tanrı onu ve zürriyetini korusun ve ödüllendirsin ve bütün işerinde başarılı kılsın...
Etz Ahayim Sinagogu bahçesinde ayrıca, günlük ibadetin icra edildiği üç tane de midraş (küçük sinagog) mevcuttu. Günümüz sinagog binası bunlardan ikisinin, Tulumbacılar - Tenekeciler Loncasına ait Midraş Haverim ile Midraş Teilim’ in birleştirilmesiyle elde edilmiştir.
Halen sinagog bahçesinde bulunan Midraş Naftali'nin girişinde Ribi Naftali ben Isaac ha-Kohen Katz’a ithaf edilmiş bir plaket mevcuttur.
1990’lı yılların başında cemaat mensuplarının Ortaköy civarı, Ulus, Etiler ve Akatlar semtlerine yönelik yerleşme tercihleri sonucu yörede nüfusun yoğunlaşması üzerine, hem küçük kalan hem de çok eskimiş bulunan sinagog binasının yenilenerek 20 Mart 1994 Pazar günü Minha (Musevilikte ikindi duası) duasıyla ibadete açıldı.
Etz Ahayim Sinagogu Anıtlar Kurulu'nun 27 Kasım 1960 tarih ve 1443 sayılı kararı ile korunması gereken eser olarak tescil edilmiştir.
